Notebooks Quarto: principes, principales fonctionnalités

Evolution des pratiques

Avant ( > ~ 2011) : des “black-boxes” méthodologiques

Logiciels payants, ruptures logicielles dans les chaines de traitements, stockage et partage des données et méthodes non optimisé, univers “clic-bouton”.

Evolution des pratiques

Ensuite ( 2011 > récemment)

Solutions open source, gratuites, qui couvrent l’ensemble de la chaîne de traitement de l’information, univers de programmation.

Evolution des pratiques

Depuis peu

Mise à jour de ce graphique en intégrant les dimensions Python, Js > plus forcément chaînes de traitement.

Evolution des pratiques

Pb (1) : Comment passer d’un langage à l’autre

Pb (2) : Comment documenter et partager ses traitements ?

• Création de bcp de scripts.
• Compréhensible par soi (et encore, avec le temps)…
• Transmettre, mettre à jour…

Recherche reproductible

Ouverture des protocoles de recherche dans l’objectif de confirmer et rendre répétable des résultats de recherche (Claerbout, 1992).

• Disponibilité des données et du code, exécutable.
• Documentation de l’environnement logiciel nécessaire à son exécution.
• Transparence dans la collecte de données, ses traitements, analyses et sorties graphiques.
• Réutilisable par d’autres : documentation du code, de ce qu’il produit et dans quel but.
• Ouvert aux retours, commentaires, suggestions, critiques, révisions.

Programmation lettrée & notebooks

Paradigme de programmation (Knuth, 1984) qui consiste à associer code source (pour les ordinateurs) et documentation (pour les humains).

• Donner les informations suffisantes pour répliquer l’expérimentation, à la manière d’un essai.
• Vérifier que les conclusions sont valides.
• Améliorer les programmes / rendre les mauvaises décisions de conception plus évidentes.
• Utile pour reprendre les programmes ultérieurement.
• Transmettre et partager les connaissances sous des formes appropriées (tutoriels, manuels).

Un gain général en reproductibilité de la démarche et en ouverture des méthodes scientifiques.

Notebooks : Principes fondamentaux

Le Notebook est solution opérationnelle et adaptée pour arriver à ces fins.

Les notebooks du moment

Source : Pecout, 2022

Squelette d’un notebook (RMarkdown / Quarto)

Source : Pecout, 2022

Le YAML en quelques mots

Le YAML est paramétrable en fonction du format de sortie désiré (HTML, PDF, présentations, etc.).

Pour le document de base (Quarto Document au format HTML), il est par exemple possible de jouer sur:

• des paramétrages généraux (choisir un thème, définir une feuille de style css)
• la table des matières (toc)
• la numérotation des parties du document
• les typographies utilisées
• le choix des couleurs
• l’affichage des blocs de code
• l’exécution du code (afficher le code ou non, des messages d’erreur, etc.)
• le dimensionnement des figures et tables
• la gestion des urls
• le paramétrage de la bibliographie
• l’affichage des notes de bas de page
• les métadonnées associées au document…

Tout est présenté ici

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title: "Articulation de différents environnements de développement de géo-visualisations. Atelier autour de Quarto : R, Pytho, et Observable JavaScript"
subtitle: "Atelier Sageo, Québec, Juin 2023"
author: "Timothée Giraud, Nicolas Lambert, Matthieu Viry, Ronan Ysebaert (UAR RIATE, CNRS, Université Paris Cité)"
format:
  html:
    theme: sandstone
    fontsize: 0.9em
    code-tools: true
    code-fold: true
    toc: true
    toc-depth: 2
    linkcolor: "#8631ad"
editor: visual
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Le markdown en quelques mots

h1, h2, h3 bold, italic import figure

Paramétrer ses chunks en qqes mots

Des sorties multiples

• Plusieurs formats de sorties : .HTML, .pdf, .doc
• Largement documentés : Manuels d’utilisations, forums, etc.
• Hautement paramétrable via le YAML et l’ajout éventuel de styles css.

Montrer le .qmd de la présentation

Idéalement, pas grand chose dans le YAML et montrer que ça rend bien.

Initier un .qmd et le construire avec RStudio

A vous de jouer !